Al tempo delle visite di San Carlo la chiesa era così descritta. Era pavimentata ma non soffittata; le pareti erano grezze senza tinteggiatura e pitture; vi era un solo altare sotto una volta grezza, con icona abbastanza bella dipinta su tela, ma non era consacrato né aveva la pietra sacra e per errore fino ad allora si era celebrato. Aveva una campana portata da un pilastrello emergente dal tetto. Davanti alla chiesetta un piccolo spazio cintato fungeva da sagrato. Nel 1615 il card. Federico Borromeo diede precise diposizioni per migliorarne le condizioni. Esse riguardavano l’altare, le finestre da ingrandire, da eliminare o da aprire, il pavimento, gli arredamenti e altre sistemazioni interne. Il cimitero doveva essere completamente protetto con una cancellata in legno affinchè le bestie non vi potessero entrare.

La chiesa fu ristrutturata nel ‘600 in ringraziamento della cessata peste del 1630. La ristrutturazione procedette però a rilento a causa della grave crisi economica che, già presente sul finire del ‘500, si era ulteriormente aggravata.

Nella visita del card. Erba Odescalchi del 1722 la chiesa veniva definita di elegante struttura ma era ancora priva della sagrestia. Lo era ancora nel 1746, anno della visita pastorale del card. Pozzobonelli. In quella occasione il porporato diede disposizioni riguardanti l’interno della chiesa e gli arredi sacri e, per quanto riguardava l’adempimento del legato del defunto Francesco Mandelli, diede preventivamente il suo assenso, che in sostanza era un invito se non un ordine, ai Confratelli per la cessione del “poderetto” da loro posseduto ai Padri Fatebenefratelli, indicati come eredi del testatore. Infatti nel 1700 i Fatebenefratelli ereditarono tutti i beni che i Mandelli possedevano in Valmadrera. L’invito fu raccolto e nel 1753 iniziò la costruzione della sacrestia che venne ultimata l’anno dopo. Nel 1910 fu edificato il campanile a cui, nel 1960, fu aggiunta una cuspide piramidale in sommità per aumentarne l’altezza.

Come detto all’inizio, nel corso di restauri degli anni venti del secolo scorso furono rinvenuti affreschi risalenti alla seconda metà del ‘400 e ai primi anni del ‘500. Sulla parete di sinistra un dipinto che porta la data del 1468 raffigurante la maternità di Maria di autore ignoto e un’opera di Tommaso Malacrida del 1501 raffigurante un gruppo di santi: Santa Caterina di Alessandria, San Cristoforo, San Sebastiano, San Rocco. Sulla parete di destra un dipinto della Madonna in trono col Bambino e San Sebastiano orante, attribuibile al Malacrida e quello di una Madonna di epoca più tarda. Nel dopoguerra gli affreschi vennero sottoposti ad approssimative operazioni di restauro.

La chiesa, dopo la costruzione di quella dello Spirito Santo, non fu più utilizzata. Nel 1994 il parroco don Silvano Motta fece domanda all’arcivescovo per poter concedere “l’uso della chiesa al Corpo Musicale Santa Cecilia attraverso un contratto di comodato” e il 25 luglio 1994 il card. Martini decretò la riduzione della chiesa “a uso profano non indecoroso per tutta la durata dell’utilizzo autorizzato”.