La piccola chiesa, ubicata nella località alpestre di San Tomaso, non presenta, sia ad un esame visivo che da indagini stratigrafiche, alcun elemento anteriore al XIX secolo. Poiché però la cappella è citata nell’elenco delle chiese esistenti stilato da Goffredo da Bussero alla fine del 1200 è verosimile supporre che l’attuale edificio sorga nella stessa posizione di quello medioevale. Al tempo delle visite pastorali di San Carlo (1566, 1583) la chiesa risultava essere ad una sola navata con abside semicircolare coperto da volta e appariva ridotta in miserevoli condizioni, abbandonata all’incuria: tetto pericolante, altare semidistrutto, finestre senza vetri, porta d’ingresso sgangherata. 

E’ un piccolo tempio ad aula rettangolare, soffittata, abside coperto da volta, pavimento in quadrelle di cotto. Ubicata sulla facciata vi è la porta d’entrata, rettangolare con riquadro in granito e soprastante lunetta; un’altra porta, all’interno, è comunicante con l’edificio della sacrestia. L’unica parete decorata è quella di fondo del presbiterio mentre le altre sono rivestite da un solo intonaco a base di calce. La pala d’altare è un dipinto su tela raffigurante la Madonna con i santi Tommaso e Giovanni di Dio; l’autore è ignoto e la datazione è da attribuire al XIX secolo. 

Dal tetto emerge un piccolo campanile a vela.

Adiacente alla parete di sinistra della chiesa vi è un casolare a due piani con un locale a pianterreno che può fungere da sacrestia e una camera al primo piano. Questa costruzione è comunicante con un altro casolare che sorge alle spalle della chiesa, anch’esso a due piani, con un’ampia cucina e un piccolo servizio a pianterreno e un’ampia camera al primo piano. 

Nel 1978 la Comunità Montana del Lario Orientale acquistò dai Fatebenefratelli tutti i loro possedimenti di S. Tomaso. La chiesetta fu data in gestione alla parrocchia di Valmadrera.